در سال 1366 قطعه زمين به مساحت 8100 مترمربع در خيابان امام خميني (ره) توسط خيراندیش محترم مرحوم مصطفي سخاوت به منظور احداث بيمارستان امام حسين (ع) وقف نمودند. در سال 1367 با اهتمام خير بزرگوار حضرت آیت الله حاج آقا کمال فقیه ایمانی و مساعدت خيرين نيكوكار پس از طي مراحل قانوني احداث ساختمان بيمارستان را آغاز نمودند. پس از تكميل بناي ساختمان و بصورت رسمي اين ساختمان جهت تكميل و تجهيز به دانشگاه علوم پزشكي اصفهان واگذار گرديد. در دي ماه 1389 براساس مصوبه هيات رئيسه دانشگاه، بيمارستان حضرت امام حسين (ع) بعنوان مركز آموزشي درماني كودكان حضرت امام حسين (ع) انتخاب گرديد و فعالیت خود را از ابتدای سال 1391 شروع و  در 16 آذر ماه 1391 با حضور مقام عالي وزارت سركار خانم دكتر مرضيه وحيد دستجردي بصورت رسمي افتتاح گرديد.